一番良い方法は、
１．SetDefaultDllDirectories(LOAD_LIBRARY_SEARCH_SYSTEM32)を発行する
（これが発行できれば、WinAPIやCOM I/F によって、パス指定なしDLLのロードが発生しても、exeフォルダのDLLがロードされることはなくなります）
しかし、KB2533623が入っていないWin7やVistaではこのAPIがありません。
その場合、少し面倒ですが下記の方法が無難です。
（いくつかの汎用インストーラはこの形）
２－１．起動されると同時に、自分自身（実行ファイル）を新規に作ったフォルダにコピー
２－２．（カレントを新規フォルダとして）コピーした実行ファイルを起動し、そこから本来のインストール動作を実行
上記の方法以外に、予め何をロードするかが判っていれば、
３．それらを事前にパス指定でLoadLibraryしておくこと
により、その後、パス指定なしのLoadLibraryが発生しても、すでにロードされたモジュールが使われるようになります。
（しかし、３の方法ではどのDLL群をロードするか、事前に確定することが難しい（WinAPI等の内部実装に依存）という点を考慮する必要があります）
補足（2017/08/06追記）
１．上記２－１でテンポラリ名を乱数生成して作成する場合、下記に注意します。
STL の std::random_device()を利用すると、内部で"cryptbase.dll"がパスなしでロードされます。
従い、std::random_device()を利用する前に、事前にパス指定でcryptbase.dllをロードしておきます。
（なお、CryptGenRandom APIを使った場合も、類似問題があるのでご注意）
２．起動からWinMainに到達するまでに、exeフォルダDLLが優先してロードされるDLLに注意します。
リンカやpragmaに指定しており、KnownDLLでないDLL全般が該当します。（手元で確認している例では、winmm.dll, mpr.dll など）
解決には「DLL遅延読み込み」を使います。
リンカの「DLL遅延読み込み(/DELAYLOAD)」に winmm.dll; mpr.dll 等を指定した上で、WinMain直後に上記の「今回の問題を考慮した対策方法」の１or２を行います。
３．いずれの場合でも、
デバッガで起動から終了までのDLLロード状況を確認して、対策が正しく機能しているか確かめることをお勧めします。(
*4)